杨秀到达长安后立刻就被关押入内侍省。
杨秀求见杨坚，但杨坚根本不见他。对于杨秀最大的来说，最大的悲剧是我把你当父亲，你却不把我当儿子。
这时才有人把杨秀之罪偷偷告诉他，诅咒天子，结交异族，谋杀大将，构陷兄弟，结党营私，截杀官差，蓄养死士，图谋不轨······杨秀感到天旋地转，这怕是天底下有的罪都加到他的身上了，真是罄竹难书啊。
杨秀不禁自言自语道：“我真有这么坏吗？”
说他是逆子，他认了；说他有天子制式的车队，他也认了；但是说他搞那么些旁门左道，要整死父亲和弟弟，那是绝无可能，他死也不认。
杨秀整日在内侍省大吵大闹，终于激怒杨坚。杨坚派人痛斥杨秀的罪行。
杨秀谢罪说：“我承受国恩，出京当藩王，不能遵守法令，真是罪该万死！”但是杨秀坚决不承认自己的罪行。
次日朝会上，杨坚当着众人的面，宣布了杨秀的罪状，他显得愤怒无比，在朝堂上扬言要处死他。
杨广这时候立刻在朝堂上痛哭流泪，代杨秀谢罪。杨谅见自己这位兄长如此狡诈，心中鄙夷，然后也跪在地上，请求代杨秀之罪。
“阿耶，念在四弟年幼的份上，就饶了他吧！”
“阿耶，四兄不过是一时糊涂，绝无害阿耶之心！”
兄弟俩两个好助攻，一番表演，赢得了满堂喝彩，却是把杨秀的罪给坐实了。杨秀是悲愤莫名，却是说不出话来。
众人也劝杨坚要慎重，毕竟杨秀罪状也清，很多东西都是主观臆断。
杨坚这时候早就不听劝了，便对众人说道：“往日秦王杨俊浪费财物，朕用为父之道训导他。今日杨秀阴谋作乱，朕要用为君之道惩处他。”
杨坚这逻辑，真是神了。杨俊那里就是为父之道，到了杨秀这里就成了用为君之道。惩处儿子用为君之道，说明杨坚根本没有把杨秀当成亲儿子。
众人听了面面相觑，也没人劝说，你父子之间的事，你自己处置就好。
这时开府仪同三司庆整劝谏道：“慜太子已被废黜，秦孝王已经去世。圣人儿子不多，何必如此处治？而且蜀王生性耿直，被严肃处理，恐怕不能自我保全，望圣人网开一面。”
也不知道庆整到底是谁的人，劝人是直接往杨坚心口上捅。杨坚听到庆整的话是勃然大怒，大骂道：“若不是朕网开一面，早应当将杨秀推到街市斩首，以便向天下百姓谢罪。”
庆整跪在地上不停地叩首，杨坚便让人捉拿庆整，要割掉他的舌头。众人劝谏乃免，但再也没有人敢替杨秀进言。
因此杨秀被交与执法人员审讯，杨坚命令杨素、苏威、牛弘、柳述、赵绰等人，详细审问，严肃处理。
其实详细审问也没有什么可审问的，除了“违犯制度，超越规格，车马服饰，均比照天子所用样式添置”这些罪状，杨秀其他事一概不承认。
杨素故意把杨秀怨怼的话送给杨坚，杨坚看到气得直言：“天下难道有这样的事吗？”
七月十日，杨秀回京第六日，被问罪第三日，杨坚以杨秀“心含怨怼，阴谋作乱，违逆人伦”的罪名将杨秀废黜为庶人，同时将其软禁在内侍省，不得与妻子儿女相见
也不知道杨坚心中到底是多变态，竟然派遣丑陋凶恶的婢女二人，供他驱使。受杨秀牵连获罪的有一百余人。
杨秀虽然被废，却是死活不认罪。对于朝廷对他的控诉他一概不承认。杨素没有办法，只得令人不断地羞辱杨秀，以折磨他的意志。
后来杨秀实在撑不住了，便给杨坚上表道：“我因为幸运，成为圣人的儿子，承蒙父母抚养长大，九岁