晚年参与平定苏守忠叛乱，一度想拥立刘恪为帝，被世家阻止作罢。明帝在位时，拜王宪为大将军大司马都督荆扬青徐诸州军事，封爵丹阳郡公，食邑五千户。
王宪于延昌三年夏进入益州后，再次编练新军，准备北上。对巴蜀之地参军的人赏赐颇多，去除了巴蜀新军的后顾之忧，换来新军的誓死效忠。
延昌三年年底王宪率军进入长安，起初与李小飞等人不和，戒备提防李小飞慕容灵，还在长安大肆敛财。后情势危急，王宪与李小飞慕容灵捐弃前嫌，共同抵御绿旗汗国大军。围城之前，朝廷送来诏书，加封王宪为丹阳郡王，勉励王宪忠心报国。
延昌四年七月十二，王宪在长安战死，李小飞慕容灵与新军士兵拼死将王宪遗体带出送回成都。